통계 > 분산 > Bartlett의 검정...

Statistics > Variances > Bartlett's test...

Linux 사례 (MX 21)

carData 패키지에서 제공하는 Prestige 데이터셋을 활성화 시키자. Prestige 데이터셋에는 type 이라는 세개의 수준을 가진 요인형 변수가 있다. 그 수준 이름은 bc, prof, wc 이다. 직업유형(type)별로 사회적인 권위가 다른지를 확인하는 문제의식이 있다고 하자. 집단별(직업유형, type)로 직업의 사회적 권위(prestige)에 대한 분산의 차이가 있는지를 통계적으로 살펴본다.

Linux 사례 (MX 21)

Tapply(prestige ~ type, var, na.action=na.omit, data=Prestige) # variances by group
bartlett.test(prestige ~ type, data=Prestige)

Linux 사례 (MX 21)

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Statistics > Means > One-way ANOVA...

Linux 사례 (MX 21)

datasets 패키지에 있는 sleep 데이터셋을 활용해보자.

https://rcmdr.tistory.com/132

 

sleep

Datasets > sleep data(sleep, package="datasets") summary(sleep) str(sleep) 데이터셋의 내부는 다음과 같다:

rcmdr.kr

<집단 (하나 선택)>에 요인형 변수 group을, <반응 변수 (하나 선택)>에 수치형 변수 extra를 선택한다. 통계 > 분산 > 이-분산 F-검정을 통하여 비교되는 두 집단의 extra 변수의 사례 분포는 등분산임을 알고 있는 상황이다.

https://rcmdr.tistory.com/136

 

1. Two variances F-test...

통계 > 분산 > 이-분산 F-검정... Statistics > Variances > Two variances F-test... datasets 패키지에 포함된 sleep 데이터셋을 활용해보자. https://rcmdr.tistory.com/132 sleep data(sleep, package="datas..

rcmdr.kr

Linux 사례 (MX 21)

AnovaModel.1 <- aov(extra ~ group, data=sleep)
summary(AnovaModel.1)
with(sleep, numSummary(extra, groups=group, statistics=c("mean", "sd")))

일원 분산 분석의 명령문 작성과 분석 결과는 아래와 같다.

Linux 사례 (MX 21)

추가로  carData 패키지의 Prestige 데이터셋을 이용하여 일원 분산 분석을 연습해보자. Prestige 데이터셋에는 type 이라는 요인형 변수가 있다. 그러나 앞서 연습한 sleep 데이터셋의 group 변수처럼 요인 수준이 두개가 아니라 요인의 수준이 셋이다. 직업의 사회적 권위에 대한 직업 유형별 (bc, prof, wc) 평균의 차이가 있는가를 점검한다.

Linux 사례 (MX 21)

AnovaModel.3 <- aov(prestige ~ type, data=Prestige)
summary(AnovaModel.3)
with(Prestige, numSummary(prestige, groups=type, statistics=c("mean", "sd")))

직업유형 (bc, prof, wc)에 따른 직업의 사회적 권위는, 각 유형별 평균을 비교할 때, 차이가 있다는 결과를 얻는다.

Linux 사례 (MX 21)


?anova  # stats 패키지의 anova 도움말 보기

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통계 > 분산 > 이-분산 F-검정...

Statistics > Variances > Two variances F-test...

Linux 사례 (MX 21)

datasets 패키지에 포함된 sleep 데이터셋을 활용해보자.

https://rcmdr.tistory.com/132

 

sleep

Datasets > sleep data(sleep, package="datasets") summary(sleep) str(sleep) 데이터셋의 내부는 다음과 같다:

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<이-분산 F-검정> 메뉴창에서 요인형 변수 group을 <집단 (하나 선택)>에, 수치형 변수 extra를 <반응 변수 (하나 선택)>으로 결정하자. Two variances F-test (이-분산 F-검정)은 두 개의 집단 비교로 반응 변수의 분산을 점검하는 기법이다.

Linux 사례 (MX 21)

Tapply(extra ~ group, var, na.action=na.omit, data=sleep) # variances by group
var.test(extra ~ group, alternative='two.sided', conf.level=.95, data=sleep)

alternative 이후 선택 사항들은 기본 선택을 사용하였다. 변화를 준 것은 없다. 따라서 아래의 명령문과 같은 의미이기도 하다.

var.test(extra ~ group, data=sleep)

sleep 데이터셋에 있는 extra 변수의 요인 수준 (group1, group2)별 분산은 차이가 있다고 통계적으로 말하기 어렵다는 결론을 얻는다. 줄여서 거칠게 말하면, 두 분산의 차이가 없다고 할 수 있다.

Linux 사례 (MX 21)

 

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Statistics > Means > Paired t-test...

Linux 사례 (MX 21)

datasets 패키지에 포함된 sleep 데이터셋에는 extra라는 수치형 변수가 포함되어 있다. 수치형 변수가 하나만 있는 경우는 Paired t-검정을 사용할 수 없다. 10명이 각각 2개의 약을 복용한 후 group1, group2라는 집단 안에서 수면 시간의 변화를 측정한 데이터셋이다. reshape(), reshapeL2W() 등의 함수를 사용하여 extra라는 수치형 변수를 group1 , group2 별로 두개의 수치형 변수로 변환시켜야 한다. 변환이 되면 <Statistics : Means : Paired t-test> 기능이 활성화된다.

Linux 사례 (MX 21)

https://rcmdr.tistory.com/71

 

13. Reshape data set from long to wide format...

데이터 > 활성 데이터셋 > 긴 형식에서 넓은 형식으로 데이터셋 모양바꾸기... Data > Active data set > Reshape data set from long to wide format... 간혹, ID를 갖는 주체(subject, 주로 사람 또는 집단의..

rcmdr.kr

extra 변수를 두개의 집단 X1, X2 로 이미 나눈 상황이다. X1과 X2를 각각 <첫째 변수>와 <둘째 변수>에 선택하자.

Linux 사례 (MX 21)

<선택기능>창 추가 선택 사항들이 있다. 기본 선택을 이용하자.

Linux 사례 (MX 21)

> with(sleepWide, (t.test(X1, X2, alternative='two.sided', conf.level=.95, paired=TRUE)))

아래의 함수 사용과 같은 결과를 얻는다.

t.test(Pair(X1, X2) ~ 1, data = sleepWide)

Linux 사례 (MX 21)


?t.test  # stats 패키지의 t.test 도움말 보기

require(graphics)

t.test(1:10, y = c(7:20))      # P = .00001855
t.test(1:10, y = c(7:20, 200)) # P = .1245    -- NOT significant anymore

## Classical example: Student's sleep data
plot(extra ~ group, data = sleep)
## Traditional interface
with(sleep, t.test(extra[group == 1], extra[group == 2]))

## Formula interface
t.test(extra ~ group, data = sleep)

## Formula interface to one-sample test
t.test(extra ~ 1, data = sleep)

## Formula interface to paired test
## The sleep data are actually paired, so could have been in wide format:
sleep2 <- reshape(sleep, direction = "wide", 
                  idvar = "ID", timevar = "group")
t.test(Pair(extra.1, extra.2) ~ 1, data = sleep2)

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통계 > 평균 > 독립 표본 t-검정...

Statistics > Means > Independent samples t-test...

Linux 사례 (MX 21)

datasets 패키지에 있는 sleep 데이터셋을 활용해보자. 활성화시키자.

https://rcmdr.tistory.com/132

 

sleep

Datasets > sleep data(sleep, package="datasets") summary(sleep) str(sleep) 데이터셋의 내부는 다음과 같다:

rcmdr.kr

sleep 데이터셋의 수치형 변수 extra에 대하여 2개의 수준을 가진 요인형 집단인 group 변수의 t-검정을 한다.

Linux 사례 (MX 21)

<선택기능> 창에는 1그룹과 2그룹의 차이를 비교하는 <대립 가설>, <신뢰 수준>, <등분산> 의 선택 사항이 있다. 일단 기본 선택 들을 사용하자.

Linux 사례 (MX 21)

t.test(extra~group, alternative='two.sided', conf.level=.95, var.equal=FALSE, data=sleep)

alternative 이하의 선택 사항들은 기본 설정을 사용하였기에 다음과 같은 결과를 갖는다.

t.test(extra ~ group, data = sleep)

 

Linux 사례 (MX 21)

참고로 group1 과 group2의 사례들을 상자그림(boxplot)을 이용하여 비교해보자.

Linujx 사례 (MX 21)

한편, 비교하는 두 집단의 분산의 차이가 없다는 것을 먼저 확인한 경우에 진행하는 t-검정도 있을 수 있다. 통계 > 분산 > 이-분산 F-검정의 결과를 바탕으로 독립-표본 t-검정을 진행하는 사례이다.

https://rcmdr.tistory.com/136

 

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통계 > 분산 > 이-분산 F-검정... Statistics > Variances > Two variances F-test... datasets 패키지에 포함된 sleep 데이터셋을 활용해보자. https://rcmdr.tistory.com/132 sleep data(sleep, package="datas..

rcmdr.kr

<선택기능> 창에서 <등분산을 가정합니까?>에 '예'를 선택한다.

Linux 사례(MX 21)

t.test(extra~group, alternative='two.sided', 
	conf.level=.95, var.equal=TRUE, data=sleep)

Linux 사례 (MX 21)


?t.test  # stats 패키지의 t.test 도움말 보기

require(graphics)

t.test(1:10, y = c(7:20))      # P = .00001855
t.test(1:10, y = c(7:20, 200)) # P = .1245    -- NOT significant anymore

## Classical example: Student's sleep data
plot(extra ~ group, data = sleep)
## Traditional interface
with(sleep, t.test(extra[group == 1], extra[group == 2]))

## Formula interface
t.test(extra ~ group, data = sleep)

## Formula interface to one-sample test
t.test(extra ~ 1, data = sleep)

## Formula interface to paired test
## The sleep data are actually paired, so could have been in wide format:
sleep2 <- reshape(sleep, direction = "wide", 
                  idvar = "ID", timevar = "group")
t.test(Pair(extra.1, extra.2) ~ 1, data = sleep2)

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Linux 사례 (MX 21)

datasets 패키지에 있는 sleep 데이터셋을 활용해보자.

https://rcmdr.tistory.com/132

 

sleep

Datasets > sleep data(sleep, package="datasets") summary(sleep) str(sleep) 데이터셋의 내부는 다음과 같다:

rcmdr.kr

<일-표본 t-검정...> 기능을 선택하면, 아래와 같은 선택 창으로 넘어간다.

sleep 데이터셋에서 일-표본 t-검정으로 점검할 수 있는 변수는 extra 하나가 보인다. 예(OK) 버튼을 누르자.

Linux 사례 (MX 21)

with(sleep, (t.test(extra, alternative='two.sided', mu=0.0, conf.level=.95)))

<대립 가설>에 관련된 선택사항에 변화를 주지 않았다. 아래 명령문과 같은 결과를 얻는다.

t.test(extra ~ 1, data = sleep)

Linux 사례 (MX 21)


?t.test  # stats 패키지의 t.test 도움말 보기

require(graphics)

t.test(1:10, y = c(7:20))      # P = .00001855
t.test(1:10, y = c(7:20, 200)) # P = .1245    -- NOT significant anymore

## Classical example: Student's sleep data
plot(extra ~ group, data = sleep)
## Traditional interface
with(sleep, t.test(extra[group == 1], extra[group == 2]))

## Formula interface
t.test(extra ~ group, data = sleep)

## Formula interface to one-sample test
t.test(extra ~ 1, data = sleep)

## Formula interface to paired test
## The sleep data are actually paired, so could have been in wide format:
sleep2 <- reshape(sleep, direction = "wide", 
                  idvar = "ID", timevar = "group")
t.test(Pair(extra.1, extra.2) ~ 1, data = sleep2)

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2. Independent samples t-test...  (0) 2022.03.07

datasets::sleep

Linux 사례 (MX 21)
Linux 사례 (MX 21)

data(sleep, package="datasets")
summary(sleep)
str(sleep)

Linux 사례 (MX 21)

데이터셋의 내부는 다음과 같다:

Linux 사례 (MX21)


sleep {datasets} R Documentation

Student's Sleep Data

Description

Data which show the effect of two soporific drugs (increase in hours of sleep compared to control) on 10 patients.

Usage

sleep

Format

A data frame with 20 observations on 3 variables.

[, 1] extra numeric increase in hours of sleep
[, 2] group factor drug given
[, 3] ID factor patient ID

Details

The group variable name may be misleading about the data: They represent measurements on 10 persons, not in groups.

Source

Cushny, A. R. and Peebles, A. R. (1905) The action of optical isomers: II hyoscines. The Journal of Physiology 32, 501–510.

Student (1908) The probable error of the mean. Biometrika, 6, 20.

References

Scheffé, Henry (1959) The Analysis of Variance. New York, NY: Wiley.

Examples

require(stats)
## Student's paired t-test
with(sleep,
     t.test(extra[group == 1],
            extra[group == 2], paired = TRUE))

## The sleep *prolongations*
sleep1 <- with(sleep, extra[group == 2] - extra[group == 1])
summary(sleep1)
stripchart(sleep1, method = "stack", xlab = "hours",
           main = "Sleep prolongation (n = 10)")
boxplot(sleep1, horizontal = TRUE, add = TRUE,
        at = .6, pars = list(boxwex = 0.5, staplewex = 0.25))

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통계 > 적합성 모델 > 선형 모델...
Statistics > Fit models > Linear model...

Linux 사례 (MX 21)

아래와 같은 <선형 모델> 선택 창에서 변수들을 선택할 수 있다. ‘통계 > 적합성 모델 >선형 회귀...‘기능의 <선형 회귀...>창과 달리 선택할 수 있는 변수에 'type [요인]'이 추가되어 있다.

carData 패키지에서 제공되는 Prestige 데이터셋에는 요인형 변수 type이 포함되어 있다. <선형 모델> 기능에는 요인형 변수를 함께 넣어서 계산할 수 있고, 표본을 모집단 크기에 비율적으로 맞추고자 사례 값에 가중치를 넣어서 계산하는 <Weights> 선택 기능이 있다. 그리고 변수를 선택하는 것을 뛰어넘어 변수들 사이의 관계성을 수식화 할 수 있는 <모델 공식> 기능이 포함되어 있다.

Linux 사례 (MX 21)

아래 <선형 모델> 창은 위의 모델 구성식과는 다른 방식을 제안한다. 직업의 사회적 권위 (prestige)에 대한 education + income + women + type 의 영향력을 계산하는 것이 아니라, education + log(income)의 결과와 type의 관계가 prestige 변수에 미치는 영향력을 계산하는 식이다.

Linux 사례 (MX 21)
LinearModel.1 <- lm(prestige ~ (education + log(income))*type, data=Prestige)
summary(LinearModel.1)
Linux 사례 (MX 21) - R Markdown 보고서 결과

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통계 > 적합성 모델 > 선형 회귀...

Statistics > Fit models > Linear regression...

Linux 사례 (MX 21)

carData 패키지에서 제공하는 Prestige 데이터셋을 불러와서 활성화시키자. 그러면, 위의 화면처럼 <선형 회귀...> 기능이 활성화될 것이다. 이 기능을 선택하면 아래와 같이 Prestige 데이터셋의 변수 목록이 등장하며, 회귀분석을 위한 구조적 설계를 시작한다.

 

교육연수(education)와 연소득(income)이 직업의 사회적권위(prestige)에 영향을 미치는가? 어떤 영향을 미치는가? 등의 문제의식을 통계적으로 점검한다고 해보자. 교육연수와 연소득은 설명 변수일 것이며, 직업의 사회적 권위는 이 두개의 설명 변수로부터 영향을 받는 반응 변수가 될 것이다. 한편, <모델 이름 입력하기:>에는 RegModel.1이 자동적으로 추천된다. 여러 개의 모델을 만들어 점검하는 경우, 지속적으로 일련번호가 추가된다. 분석가가 자유롭게 모델 이름을 정할 수 있다.

Linux 사례 (MX 21)

예(OK) 버튼을 누르면, R Commander 화면 상단에 있는 <모델:>옆에 파란색으로 RegModel.1이 등장한다.

Linux 사례 (MX 21)

RegModel.1 <- lm(prestige~education+income, data=Prestige)

summary(RegModel.1)

R Commander의 출력 창에는 만든 선형 회귀 모델의 결과가 출력된다.

Linux 사례 (MX 21)

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그래프 > 그래프를 파일로 저장하기 > 3차원 RGL 그래프...
Graphs > Save graph to file > 3D RGL graph...

Linux 사례 (MX 21)
Linux 사례 (MX 21)

위의 그래프는 carData 패키지에서 제공하는 Prestige 데이터셋을 활용하여 만들었다. 3차원 그래프가 만들어졌다면, <3차원 RGL 그래프...> 기능이 활성화된다. 그리고 그 기능을 마우스로 선택하면 아래와 같은 경로, 파일이름, 형식을 추천하는 메뉴 창이 등장한다.

Linux 사례 (MX 21)
rgl.snapshot("/home/jhshin/RGLGraph_추가이름2.png")

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